Κατά τον έλεγχο των φυτωριακών επιχειρήσεων, το Τμήμα μας διενεργεί δειγματοληψίες στο έδαφος και στα εδαφικά υποστρώματα που χρησιμοποιούνται για την παραγωγή φυτών. Τα δείγματα αποστέλλονται στο Τμήμα Γεωργικών Εφαρμογών και Ανάλυσης Λιπασμάτων Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, για γενικές αναλύσεις και στο Μπενάκειο Φυτοποαθολογικό Ινστιτούτο για έλεγχο ύπαρξης φυτοπαρασιτικών νηματωδών. Το πρώτο στάδιο αυτού του ελέγχου πραγματοποιείται στο εργαστήριο του Τμήματός μας, εξασφαλίζοντας, τόσο για τον παραγωγό όσο και για τους καταναλωτές, την άμεση διορθωτική παρέμβαση, σε περίπτωση που παρατηρηθούν φυτοπαραστικοί νηματώδεις.  Κατά το πρώτο αυτό στάδιο, το δείγμα εδάφους ή εδαφικού υποστρώματος διαλύεται σε νερό και ομογενοποιείται. Με κατάλληλα κόσκινα διαχωρίζονται και απομακρύνονται τα οργανικά και αδρανή στερεά υλικά. Οι νηματώδεις, μαζί με ελάχιστο νερό, συγκρατούνται και τοποθετούνται σε γυάλινο χωνί διήθησης, όπου παραμένουν για 48 ώρες. Στο διάστημα αυτό οι νηματώδεις διαπερνούν μέσα από κατάλληλο διηθητικό χαρτί και συγκεντρώνονται σε ένα διαυγές εδαφικό διάλυμα στη βάση του χωνιού. Ακολουθεί ο στερεοσκοπικός και ο μικροσκοπικός έλεγχος του εδαφικού διαλύματος, κατά τον οποίο διαπιστώνεται η παρουσία ή η μη παρουσία φυτοπαρασιτικών νηματωδών. Το εδαφικό διάλυμα αποστέλλεται άμεσα στο Εργαστήριο Νηματωδών του Μπενάκειου Φυτοπαθολογικού Ινστιτούτου, το οποίο προβαίνει στην ταυτοποίηση των ειδών, στη μέτρηση του πληθυσμού τους και στην έκδοση των επίσημων αποτελεσμάτων.